意味の違いについて気にする必要はありません。二つとも最後の挨拶のセットフレーズです。

一般的に、”Sincerely” は相手との関係がbusiness-to-businessである場合に使います。”Best regards” や “Kind regards” や “Warm regards” は、ある程度のperson-to-personの関係がある場合に使う傾向があります。

つまり、メールの内容が仕事の話でも、仕事上の同僚・知人・友人という気持ちがあるなら “Sincerely”より “Best regards”などのほうが良いでしょうね。